L’organisation de la FESEFA répond à sa double qualité de fédération d’employeurs de trois secteurs socioculturels et de fédération sectorielle de l’Éducation permanente.
L’Assemblée générale et le Conseil d’administration de la FESEFA sont composés de deux chambres : l’une pour l’Éducation permanente (EP), l’autre pour la formation et l’Insertion socioprofessionnelle (ISP) ainsi que l’Intégration des personnes étrangères (IPE).
L’équipe est composée de la directrice, du service administratif, du pôle juridique et du pôle EP.
Le pôle juridique propose un accompagnement et des formations par trois juristes à temps plein sur les matières liées aux relations de travail, à la gestion des asbl et au droit au respect de la vie privée.
Le pôle EP (composé de cinq personnes) mène les missions de la fédération sectorielle de manière autonome. Ce pôle agit en étroite collaboration avec la Chambre de l’Éducation permanente, organe de réflexion et de préparation des décisions pour le secteur, ainsi qu’avec la vice-présidence de la FESEFA, qui préside cette Chambre.
Enfin, l’action de la Fédération est soutenue par un service administratif constitué d’un secrétaire et d’une secrétaire-comptable.