L’ancêtre de la FESEFA, la FESEP (Fédération des Employeurs du Secteur de l’Éducation Permanente), a été créée en 1991 avec pour missions la promotion et la défense des organisations en tant qu’employeurs du socioculturel – et en particulier de l’Éducation permanente –, ainsi que leur représentation au sein de la Commission paritaire du socioculturel via sa présence à la Confédération des Employeurs des secteurs Sportif et SocioCulturel (CESSoC), seule habilitée à y siéger pour les employeurs francophones.
En 2000, la FESEFA a élargi ses missions aux organisations d’insertion socioprofessionnelle. Via une modification statutaire, l’Assemblée générale, l’Organe d’administration et le Bureau ont été ouverts à des représentants de ce secteur et, enfin, la représentation du secteur de la formation professionnelle à la CESSoC a été validée.
En septembre 2016, une nouvelle modification des statuts a acté l’élargissement de la Fédération au secteur de l’Intégration des personnes étrangères.
À l’automne 2019, en vue de l’abrogation de la Loi de 1921 sur les associations sans but lucratif et de leur intégration au Code des Sociétés et des Associations, la FESEFA a contribué à la création du Collectif 21 dans le but de réfléchir, sensibiliser et mobiliser autour de la spécificité, de la légitimité et de la nécessité du fait associatif. Cet engagement pour la défense du fait associatif a été formalisé dans la parution en 2021 d’un ouvrage collectif piloté par la fédération, « Autonomie associative menacée ».
Au 1er janvier 2021, la FESEFA a été officiellement reconnue comme fédération représentative du secteur de l’Éducation permanente. Cette reconnaissance a permis la poursuite et la formalisation des missions et services existants au sein de la FESEFA, et l’élargissement de toute une série de missions : défense des intérêts du secteur et représentation sectorielle, soutien au travail des associations reconnues en développant des missions spécifiques de formation, d’information, d’accompagnement, de mise en réseau, etc.
La réforme statutaire de 2023 a proposé un modèle de gouvernance adapté à l’évolution de la FESEFA. La création d’un Collège des administrateurs de l’EP permet l’adoption autonome de décisions sur les matières sectorielles. La Chambre EP de la fédération se présente ainsi comme un forum élargi dans lequel siègent à la fois des administrateurs et des associations membres invitées, et au sein duquel des positions communes sont construites selon une logique de consensus.